Sowohl die klassische als auch die online betriebene Apotheke haben diverse Vorteile. In der Apotheke vor Ort kann man auch auf die Schnelle noch einkaufen. Zudem kann man sich, wenn man unsicher ist, beraten lassen, welches Medikament oder welche Kosmetik für einen selbst optimal geeignet ist. Man hat schon eine persönliche Bindung zum Apotheker aufgebaut, die sich durch jeden neuen Einkauf festigt. Hier gibt es immer wieder Aktionen und vielleicht sogar einen Treuebonus.
Die Online-Apotheke hingegen bietet zwar nicht die Beratung von Mensch zu Mensch – viele Systeme gehen inzwischen aber zu einer Art Beratung, die online geleistet wird, über. Außerdem gibt es ja immer wieder Medikamente oder Kosmetika, die man regelmäßig benötigt. Egal ob nun Ware, die man auf Rezept bekommt oder freiverkäufliche Artikel – auch in der Online Apotheke lässt sich ein Rezept einlösen.
Ein Punkt, der immer wieder gern kritisiert wird, ist neben der fehlenden Beratung die relativ lange Laufzeit. Während man in die Apotheke vor Ort hineinläuft und in der Regel sofort die gewünschte Ware in der Hand hat, muss man bei der Onlinevariante Postlaufzeiten einrechnen. Tatsache ist – mit ein wenig Planung kann man online oftmals günstiger 
einkaufen und auch hier gibt es Treueaktionen, die über ein Kundenkonto abgewickelt werden können und allgemeine Preisnachlässe. Online gibt es kaum so etwas wie klassische Lagerhaltung – es wird je nach Bedarf beim Großhandel bestellt. Entsprechend können günstigere Preise angeboten werden.
Kauft man mehrere Artikel in einer Bestellung, kann man sich oft sogar die Versandkosten sparen. Wenige Tage nach der Bestellung hat man seine Ware im Haus. Eine weitere Möglichkeit, die man vorfindet, ist die Kombination aus Onlinehandel und örtlichem Handel. Hier wird online oder in der Filiale beispielsweise einer Drogerie bestellt und die Ware wird entweder zugeschickt oder kann in der Filiale abgeholt werden. Das ist besonders dann praktisch, wenn man selbst nicht permanent zu Hause ist und weiß, dass die Nachbarn zum Lieferzeitpunkt ebenfalls kein Paket annehmen können. In der örtlichen Filiale wird zumindest während der Öffnungszeiten jemand anwesend sein und kann das Paket somit entgegennehmen. Man selbst kann es dann, ebenfalls zu den Öffnungszeiten, einfach in der Filiale abholen.
