Angeborenerweise ist die Iris bei Geburt farblos bis blauweisslich. Da sie auf der Rückseite eine dunkle Beschichtung hat, kann das Tageslicht sie nicht richtig durchdringen und wird gestreut. Die kurzwelligen blauen Lichtstrahlen werden am besten reflektiert und daher wirkt die Iris zunächst bei allen Neugeborenen blau. Mit dem 6. Lebensmonat erreicht die Iris erst ihre volle genetisch vorgegebene Färbung, jedoch kann man bei Geburt schon ein wenig abschätzen in welche Richtung sich die Augenfarbe entwickelt. Blaue Augen sind bei der Geburt ganz hellblau, wobei dunkelblaue oder graublaue Augen sich eher zur braunen Augenfarbe entfalten.
Melanin-produzierende Zellen bilden in den ersten Lebensmonaten eine gelbliche bis braune Beschichtung auf der Irisoberfläche. So wird die ursprünglich blaue Farbe überdeckt. Über den Farbeindruck entscheidet die Menge des Melanins und die Beleuchtung, denn je nach Lichteinfall erscheinen die Augen in einer unterschiedlichen Farbe. Grüne Augen existieren eigentlich nicht, denn es gibt kein grünes Pigment. Bei genauer Betrachtung erkennt man blaue Augen, die mit gelbbraunen Pigmentflecken verseht sind.
Die Häufigkeit der verschiedenen Augenfarben ist natürlich stark vom Land und der Herkunft der Bevölkerung abhängig. Die meisten blauen Augen finden sich in den baltischen Staaten und in Skandinavien. Rund 10% der Weltbevölkerung sind blauäugig. In den USA zeigte eine Studie auf, dass 42% der Amerikaner blauäugig sind, 22% haben eine braune Augenfarbe, 15% sind grünäugig und 11% besitzen graubraune Augen.
Es gibt übrigens auch die natürliche Entstehung von zwei unterschiedlich farbigen Augen. Dies entsteht dadurch wenn das braune Pigment auf den beiden Augen sich unterschiedlich dicht ansammelt. So kann ein Auge ganz braun erscheinen, während das andere blau ist. Dies ist völlig harmlos und lediglich eine Laune der Natur.
Interessant ist ausserdem die Herkunft der blauen Augen. Vor ca. 10 000 Jahren entstand bei einem Menschen eine Erbgutveränderung (Mutation), die die Aktivität des Gens welches für die Herstellung des braunen Pigments Eumelanin zuständig ist, bremst. Insofern stammen alle blauäugigen von einem einzigen Menschen ab, der vermutlich im nahen Osten gelebt hatte.
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